房贷扣款余额不足补上后会第二次扣款，但一定要要在扣款日24点前补足差额。在房贷还款日当天，银行系统会多次进行扣款，第一次扣款失败的话会进行第二次扣款，直到房贷扣满为止。比如房贷需要还2500元，卡里只有1500元，第一次会扣掉1500元，随后补上1000元，系统会进行第二次扣款。为了避免逾期，最好在卡里面一次性充足够的金额，发现扣款余额不足后，要及时补上差额，最好主动联系银行说明情况，避免逾期。